Le CPIE accompagne plusieurs carriers dans le cadre de la réalisation d’aménagements ou de suivis biologiques. Selon la demande, cet accompagnement peut être : 
- Ponctuel : pour une mission précise, un conseil…
- Annuel : étude de la biodiversité d’un site sur une saison biologique complète (du printemps à l’automne) 
- Pluriannuel : une étude peut être renouvelée sur plusieurs années afin de caractériser l’évolution de la biodiversité présente.

Le CPIE est également formé à l’utilisation de l’Indicateur de Qualité Écologique (IQE) et à sa variante, l’Indicateur de Potentialité Ecologique (IPE). Ces outils mis en place par le Service du Patrimoine Naturel du Muséum national d’Histoire naturelle permettent d’évaluer à l’échelle d’un site et dans sa globalité : la biodiversité, la fonctionnalité écologique, et l’efficacité des mesures d’aménagements et de gestion écologiques, dans une optique de suivi temporel. Plus d'infos sur cet indice ici